Metody molekularne w biotechnologii drobnoustrojów 04-BIO-DM-MMWBD-SD2
Wykłady:
Techniki bazujące na PCR wykorzystywane do badania mikroorganizmów (AFLP, RFLP, ITS, Real Time-PCR itp.). Problemy związane ze stosowaniem techniki PCR i sposoby ich rozwiązywania. Wykorzystanie metod molekularnych w badaniach wewnątrzgatunkowego zróżnicowania grzybów. Biologiczne działanie mikotoksyn wytwarzanych przez grzyby z rodzajów: Aspergillus, Penicillium, Fusarium. Organizmy endofityczne jako element biologicznej ochrony roślin przed agrofagami. Mechanizmy działania warunkujące zwiększoną odporność rośliny z endofitem. Wykorzystanie endofitów w biotechnologii rolniczej.
Ćwiczenia:
Metody izolacji całkowitego DNA grzybów zasiedlających materiał roślinny, analiza jakościowa uzyskanego materiału genetycznego i identyfikacja mikroorganizmów w badanym materiale. Izolacja DNA grzybów wykorzystywanych w przemyśle spożywczym i ich analiza gatunkowa. Zróżnicowanie mikroorganizmów na poziomie molekularnym - zastosowanie markerów ITS wykorzystywanych w molekularnej taksonomii mikroorganizmów (analiza wyników rozdziału elektroforetycznego produktów PCR na żelu agarozowym, reizolacja produktu PCR z żelu, sposób przygotowania próbki do wysyłki do sekwencjonowania, odczyt wyników sekwencjonowania i porównywanie z bazą danych w NCBI). Ilościowa i jakościowa analiza DNA (Real Time-PCR). Problemy związane ze stosowaniem techniki PCR i sposoby ich rozwiązywania – optymalizacja reakcji PCR, wpływ inhibitorów na przebieg i wynik reakcji. Organizmy endofityczne jako element biologicznej ochrony roślin przed agrofagami, mechanizmy działania, wykorzystanie i znaczenie endofitów w rolnictwie. Technologia produkcji zmodyfikowanego biologicznie materiału nasiennego traw: izolacja wyselekcjonowanych grzybów endofitycznych z materiału roślinnego, modyfikowanie roślin poprzez wprowadzenie endofita (sztuczna inokulacja siewek roślin inokulum endofita), przygotowanie inokulum na podłożu PGA i WA, określenie skuteczności inokulacji za pomocą testu AGRINOSTICS. Test odporności zmodyfikowanych roślin na porażenie przez wybranego patogeny grzybowe. Określanie przynależności gatunkowej i grup anastomozowych w obrębie rodzaju Rhizoctonia metodami molekularnymi i standardowymi.
Koordynatorzy przedmiotu
Literatura
Literatura podstawowa:
1. Bacon C. W., White J., 2000, Microbial endophytes, CRC.
2. Bednarski W., Reps A., 2001, Biotechnologia żywności. Praca zbiorowa. Wyd. Naukowo – Techniczne, Warszawa.
3. Bridge P. D., Arora D. K., Rewddy C. A., Elander R. P., 1998, Applications of PCR in mycology, CAB International.
4. Chełkowski J., 1991, Cereal grain, mycotoxins, fungi and quality in drying and storage, Elsevier.
5. Czerwiecki L., 1993, Mikotoksyny w żywności. Wykrywanie i oznaczanie. Warszawa.
6. Słomski R. (praca zbiorowa), 2004, Przykłady analiz DNA, Akademia Rolnicza w Poznaniu.
7. Sneh B., Burpee L., Ogoshi A., 1994, Identification of Rhizoctonia Species, APS Press, The American Phytopathological Society.
8. Czasopisma: Journal of Applied Genetics, Mycotoxin Research, Biotechnologia - Kwartalnik Komitetu Biotechnologii.
Literatura uzupełniająca:
1. Węgleński P., 2000, Genetyka molekularna, praca zbiorowa. Wydawnictwo Naukowe PWN.
2. Brown T. A., 2009, Genomy, Wydanie II poprawione, Wydawnictwo Naukowe PWN.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: