Metody molekularne w badaniach drobnoustrojów 04-NB-MMBD-SP6
Wykłady:
Techniki bazujące na PCR wykorzystywane do badania mikroorganizmów: badanie zróżnicowania genetycznego (RAPD, AFLP, RFLP), identyfikacja drobnoustrojów na bazie sekwencji niespecyficznych i sekwencjonawania (ITS, IGS)
Ilościowa analiza Real-time-PCR (omówienie metody, barwniki, sondy, aparatura, absolute i relative quantification).
Problemy, związane ze stosowaniem techniki PCR (odczynniki, zanieczyszczenia, specyfika materiału itp.) i sposoby ich rozwiązywania.
Technika RT-PCR - zasady i wykorzystanie.
Wykorzystanie analizy genów TEF-1α, β-tub i CaM do analizy zróżnicowania i identyfikacji drobnoustrojów.
Przegląd metod biologii molekularnej (PCR, hybrydyzacja) stosowanych w wykrywaniu i identyfikacji mikroorganizmów (w tym grzybów) i badaniu ich zróżnicowania.
Zastosowanie metod molekularnych w diagnostyce patogenów roślin, ocenie skuteczności działania środków ochrony roślin i innych zabiegów poprawiających ich zdrowotność.
Ćwiczenia:
Real-time PCR - zaznajomienie z oprogramowaniem i sprzętem Real Time, przygotowanie materiału badawczego przygotowanie krzywej wzorcowej, analiza wyników.
Wykorzystanie metody RAPD do badania zróżnicowania wewnątrzgatunkowego grzybów.
Analiza regionów ITS w identyfikacji mikroorganizmów - izolacja DNA z różnych gatunków tego samego rodzaju grzyba, reakcja PCR, wizualizacja wyników reakcji ITS na żelu, przygotowanie produktu do sekwencjonowania, odczyt wyników sekwencjonowania i porównanie sekwencji ITS uzyskanych izolatów z bazą NCBI, określenie gatunku, konstrukcja drzew filogenetycznych.
PCR-RFLP - wykorzystanie enzymów restrykcyjnych do badania zróżnicowania genetycznego w obrębie różnych izolatów tego samego gatunku - poszukiwanie miejsc mutacji przy użyciu oprogramowania komputerowego, poszukiwanie miejsca cięcia i wybór enzymu, zasady dobierania enzymów, cięcie restryktazami produktu PCR. Analiza wybranych genów (np. Tef α, β-tubuliny)
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Student zna podstawowe techniki i narzędzia badawcze stosowane w nanobiotechnologii na poziomie molekularnym, ma uporządkowaną i podbudowaną teoretycznie wiedzę ogólną niezbędną do rozumienia i opisu podstawowych zjawisk w różnych obszarach nanobiotechnologii, potrafi pod kierunkiem opiekuna naukowego planować i przeprowadzać eksperymenty nanobiotechnologiczne i biologiczne, a także interpretować i opracowywać uzyskane wyniki i wyciągać wnioski, potrafi identyfikować i analizować problematykę nanobiotechnologiczną i biologiczną w zjawiskach naturalnych i procesach technologicznych oraz wykorzystywać metodologię badań (wyniki eksperymentalne, symulacje) do formułowania i rozwiązywania optymalnych zadań inżynierskich. Potrafi współdziałać i pracować zespołowo przyjmując różne funkcje; potrafi organizować proces zdobywania wiedzy przez inne osoby oraz zachęcać je do samodzielnej pracy; rozumie odpowiedzialność za działania własne i innych osób; jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo własne i innych oraz powierzony sprzęt, ma świadomość społecznej, zawodowej i etycznej odpowiedzialności za stosowanie nanobiotechnologii i nanomateriałów w produkcji rolniczej, produkcji żywności, kształtowaniu i ochronie środowiska.
Literatura
Literatura podstawowa:
Brown T. A., 2009. Genomy, Wydanie II poprawione, Wydawnictwo Naukowe PWN.
Węgleński P., 2000. Genetyka molekularna, praca zbiorowa. Wydawnictwo Naukowe PWN.
Literatura uzupełniająca:
Słomski R., 2004. Przykłady analiz DNA. AR w Poznaniu.
Hall B.G., 2008. Łatwe drzewa filogenetyczne. Poradnik użytkownika. Wydawnictwo UW. Warszawa.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: