Zastosowanie markerów genetycznych w hodowli zwierząt 06-BIO-BPZ-ZMGH-SD2

Wykłady:
Typy markerów genetycznych (RFLP, AFLP, RAPD, SSR, SNP); techniki wykorzystywane do genotypowania (PCR, Real – Time PCR, sekwencjonowanie, mikromacierze, spektrofotometria masowa); identyfikacja nowych markerów genetycznych i informacje dostępne w publicznych bazach danych; polimorfizm markerów i równowaga Hardy’ego – Weinberga; markery DNA a mapy genetyczne, fizyczne i porównawcze; identyfikacja loci cech ilościowych (QTL); wykorzystanie markerów w hodowli wspomaganej markerami (MAS); kontrola pochodzenia u zwierząt przy użyciu markerów DNA; zastosowanie danych genotypowych w genetyce populacji; analiza filogenetyczna; genetyka ekologiczna (analiza efektu wąskiego gardła i dryfu genetycznego)

Ćwiczenia:
Wyszukiwanie informacji o markerach genetycznych w publicznych bazach danych (NCBI, Seattle SNP), wyszukiwanie nowych markerów SSR i SNP (PERL) na podstawie sekwencji DNA; projektowanie starterów do amplifikacji markerów DNA w reakcji PCR (Primer3); Sprawdzanie i transformacja danych (MSToolkit, Convert); oznaczanie błędu genotypowania (Pedant); analiza polimorfizmu markerów genetycznych i równowagi HWE (GenePop); konstrukcja mapy genetycznej z wykorzystaniem danych genotypowych (CriMap); rekonstrukcja haplotypów (SimWalk2, SNPhap); identyfikacja QTL (QTL express, QTL Cartographer); analiza rodowodów u bydła (Cervus); analiza efektywnej wielkości (Ne estimator) i struktury populacji (Structure); analiza wariancji AMOVA (Arlequin); kalkulacja dystansu genetycznego populacji i konstrukcja drzew filogenetyczncyh (MolKin, Phyllip); analiza efektu wąskiego gardła (Bottleneck).