Genomika zwierząt 06-BIO-BPZ-GENZ-SD2
Wykłady:
Zagadnienia: Markery molekularne: RFLP markery klasyczne, markery PCR, AFLP, SNP. Mapy genetyczne: badania sprzężeń. Mapy fizyczne (cytogenetyczne, RH, contig, chromosomal painting, FISH). Projekty sekwencjonowania genomów: podstawowe strategie (BAC, YAC) Genom człowieka, genom kury, genom myszy. Genetyka porównawcza (grupy genów). Porównanie całych genomów (eukariota). Regiony synteniczne i ewolucja genomu. Badania ekspresji: DNA chips, DNA microarrays. Mapowanie cech monogenicznych: badanie sprzężeń Analiza cech złożonych: analiza QTL. Proteomika.
Ćwiczenia:
Zapoznanie się z mapami sprzężeń: lokalizacja markerów, klonów BAC, contig: selekcja pozytywnych klonów BAC/conting. Opracowanie mapy sprzężeń na podstawie danych genotypowych (CriMap,); mapowanie porównawcze genów człowieka i świni (panelRh); przewidywanie regionów kodujących w sekwencji DNA (FGENEH / FGENES); porównanie profili ekspresji genów (EPCLUST); Mapowanie porównawcze z wykorzystaniem programów GRIMM/GRM; porównanie sekwencji nukleotydowych/białkowych (BLAST). Domeny funkcjonalne w białkach.
Koordynatorzy przedmiotu
Literatura
Literatura podstawowa:
Brown T.A. „Genomy 3”, Garland Science 2006
Literatura uzupełniająca; instrukcje do programów, dostępne w:
CRI MAP: http://compgen.rutgers.edu/multimap/crimap/
NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
BLAST: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi
EPCLUST: http://www.bioinf.ebc.ee/EP/EP/EPCLUST/
EP : PPI: http://www.bioinf.ebc.ee/EP/EP/PPI/
Softberry: www.softberry.com
AceDB: http://www.acedb.org/
AnimalQTL: http://www.animalgenome.org/QTLdb/
Ensemble: http://www.ensembl.org/index.html
FPC: http: //www.bioinformatics.nl/gbrowse/cgi-bin/gbrowse/ChickFPC/
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: